Sedan 1 juli har Skatteverket betalat ut 177 miljoner kronor i skattereduktion för hushållsnära tjänster och rot-arbeten.
Skatteverket har hittills tagit emot drygt 26 000 ansökningar.
Men många företag riskerar att få vänta på sina pengar eftersom ansökningarna är felaktigt infyllda.
Vid halvårsskiftet infördes den nya fakturamodellen som innebär att skattereduktionen för hushållsnära tjänster och arbeten inom ramen för rot dras av direkt på fakturan. Företaget som säljer tjänster ska sedan skicka in en ansökan om avdrag till Skatteverket för att få tillbaka skattereduktionen.
"Det är jätteviktigt att företagen fyller i sina ansökningar korrekt. Annars riskerar de att inte få sina pengar utbetalade i tid", skriver Pia Blank Thörnros, rättsexpert på Skatteverket i ett pressmeddelande.
Är ansökningarna rätt ifyllda betalar Skatteverket ut pengarna inom tio dagar.
Vanliga fel är att kundernas personnummer inte stämmer eller att fastighetsbeteckningen fattas på bostaden där arbetet utförts. Många företag skickar också in en ansökan innan de fått betalt av kunden eller glömmer att skriva under blanketten enligt Pia Blank Thörnros.
-Vi räknade med många ärenden men kanske inte så snabbt, säger Pia Blank Thörnros till TT.
Skatteverket trodde att semesterveckorna skulle innebära en lugn start för de nya reglerna.
-Bara i går måndag tog vi emot 900 nya ärenden, säger Thörnros.
Rot-avdraget gäller bara för arbetskostnader och om ett företag redovisat fel så blir det återbetalningsskyldigt.
Privatpersoner har också hört av sig till skattemyndigheten och klagat på att vissa företag ändrat sina offerter och höjt priserna efter den 1 juli.
-Men det är en avtalsfråga och inte en skattefråga, säger Thörnros.
Ansvaret för det administrativa arbetet med rot-avdraget faller på företagen, något som leder till ökade kostnader för kunderna och att en del företag väljer att tacka nej till jobb med rot-avdrag, menar Anna-Stina Nordmark Nilsson, vd för intresseorganisationen Företagarna.
-Vi är oerhört glada över det stora intresset, men tycker att det nya regelverket är mindre kul. Priserna stiger när mer tid går till administration och fler företag tycker det är för krångligt, säger hon.
Företagarna vill att reglerna som tillämpades innan den 1 juli återinförs och att ansvaret ligger på kunden.
-Ibland verkar det som om höger hand inte vet vad vänster hand gör, tillägger Nordmark Nilsson och syftar till regeringens utspel från 2006 om att enklare regelverk ska kapa företagens administrativa kostnader med 25 procent fram till 2010.